Ο Γεώργιος Κοντόπουλος εξελέγη καθηγητής αστρονομίας την άνοιξη του 1957 και διορίστηκε τον Ιούνιο του ίδιου έτους. Βλέποντας τον οργασμό οικοδομικής δραστηριότητας στον χώρο της Πανεπιστημιούπολης, θέλησε να προωθήσει την στέγαση του Εργαστηρίου Αστρονομίας. Απευθύνθηκε λοιπόν στον Πάτροκλο Καραντινό, παρακαλώντας τον να εκπονήσει δωρεάν τα προσχέδια ενός κτιρίου Αστεροσκοπείου, απέναντι από το Μετεωροσκοπείο. Ο Καραντινός του απάντησε ότι δεν είχε καιρό για μια εξ υπαρχής μελέτη (εκείνη την εποχή μελετούσε τα κτίρια της Πολυτεχνικής Σχολής), τον ρώτησε όμως αν ενδιαφερόταν για ένα κτίριο-μικρογραφία της ΦΜΣ. Ο Κοντόπουλος δέχθηκε και τον Σεπτέμβριο κιόλας του 1957 ο Καραντινός παρέδωσε την προμελέτη. Ο Κοντόπουλος την πήρε μαζί του στην Αθήνα, ζητώντας τη χρηματοδότηση του κτιρίου από το πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων. Εκεί του απάντησαν ότι είναι πολύ αργά για το 1957, αλλά δέχθηκαν σε μια μελλοντική αναμόρφωση προϋπολογισμού να εγγράψουν έναν νέο κωδικό με ένα μικρό ποσό, 50.000 δρχ. αν θυμάμαι καλά. Την επόμενη όμως χρονιά, μια που υπήρχε ήδη κωδικός, εγγράφηκαν σημαντικές πιστώσεις και άρχισε η κατασκευή του κτιρίου, που κόστισε 1.000.000 δρχ. από τις δημόσιες επενδύσεις και 808.000 δρχ. από τον πανεπιστημιακό προϋπολογισμό, το δεύτερο κονδύλι για τον θόλο και το τηλεσκόπιο.
Το 1939 άρχισε πρώτα η οικοδόμηση του κτιρίου της Γεωπονικής Σχολής και λίγο μετά του κτιρίου της Φυσικομαθηματικής Σχολής. Και τα δύο έμειναν ημιτελή λόγω των πολέμων. Το πρώτο κτίριο προωθήθηκε αρκετά, ολοκληρώθηκε ο σκελετός του, ενώ το δεύτερο θεμελιώθηκε και κτίστηκε ένα πολύ μικρό τμήμα στην ανατολική πλευρά του. Αυτή η ιεράρχηση σηματοδοτούσε τα βήματα της κτιριακής διεύρυνσης του Παν. Θεσσαλονίκης στη συνείδηση όλου του προσωπικού του και των εκάστοτε πρυτανικών αρχών. Το 1950 ανατράπηκε αυτή η σειρά προτεραιοτήτων. Μεθοδεύτηκε, παράλληλα με την ολοκλήρωση της Γεωπονικής Σχολής, να προωθηθούν τα κτίρια του Χημείου και του Μετεωροσκοπίου. Η οικοδόμηση του κτιρίου της Φυσικομαθηματικής Σχολής υποσκελίστηκε ως το επόμενο βήμα μετά το Χημείο και το Μετεωροσκόπιο (αν υπήρχε οικονομική δυνατότητα και πολιτική βούληση, την πολύ αβέβαιη περίοδο 1950-1955).
Το ερώτημα είναι: τι ευνόησε αυτή την αλλαγή προτεραιοτήτων;;
Απάντηση, με αναφορά σε επίσημα κείμενα, δεν υπάρχει. Η συγκυρία όμως της περιόδου εκείνης φωτίζει ικανοποιητικά το παρασκήνιο.
Το 1949 άρχισε να εφαρμόζεται το σχέδιο Μάρσαλ και το πρόγραμμα βοηθείας της Ελληνο-Αμερικανικής Οργάνωσης Οικονομικής Συνεργασίας τέθηκε σε υλοποίηση αμέσως. Στη Θεσσαλονίκη εγκρίθηκε και ξεκίνησε η οικοδόμηση της “Ανωτέρας Κρατικής Σχολής Αδελφών Νοσοκόμων” (απέναντι από το Παν. Θεσσαλονίκης),το 1949. Όμοια και για δύο κτίρια στο αγρόκτημα του Παν. Θεσσαλονίκης. Αλλά και η τότε ανέγερση του Νοσοκομείου ΑΧΕΠΑ είχε παρασκηνιακά τη σκιά της αμερικανικής αποστολής στην Ελλάδα. Πολύ χαρακτηριστική είναι η περίπτωση “της επίσκεψης τον Οκτώβριο του 1950 του υπαρχηγού της Αμερικανικής Αποστολής, Paul Jenkins, στο Παν. Θεσσαλονίκης, περιηγήθηκε στο υπό ανέγερση Νοσοκομείο ΑΧΕΠΑ και στα ημιτελή κτίρια, υποσχόμενος ότι θα βοηθήσει κατά το δυνατόν το Πανεπιστήμιο.”
Μέσα σ’ αυτό το πλαίσιο, ορισμένοι καθηγητές πήραν κάποιες πρωτοβουλίες και αξιοποιώντας ευρύτερες διασυνδέσεις τους τις προώθησαν με επιτυχία.
Κατά τη διάρκεια της ανέγερσης του κτιρίου της Φυσικομαθηματικής Σχολής ο Εμπειρίκος πήγαινε από τις 7 το πρωί στο γιαπί για να παρακολουθήσει τις εργασίες, που είχε αναλάβει και πάλι ο Ιάσωνας Γεωργιάδης μετά το Χημείο. Πολλές φορές έδενε τα μάτια του με μαντήλι και άφηνε τους άλλους να τον καθοδηγούν πάνω στα μαδέρια, επειδή έπασχε από υψοφοβία. Την καλυτερη περιγραφή της αφοσίωσης του Εμπειρίκου στην κατασκευή του κτιρίου έδωσε ο Π. Παλαιολόγος σε ένα χρονογράφημά του στο ΒΗΜΑ: “Μήπως θα υπήρε η σχολή Φυσικομαθηματικών επιστημών αν δεν υπήρχε ο Εμπειρίκος της; Χρόνια το παλεύει ο διακεκριμμένος αυτός καθηγητής. Του έγινε ψύχωση. Ψώνιο θα λέγαμε. Έργο ζωής.” . Βλέπετε είχε ακούσει τον Εμπειρίκο να μιλάει συνεχώς γι' αυτό όταν είχαν βρεθεί για ένα μήνα μαζί στην ΕΣΣΔ το καλοκαίρι του 1956, μετά από επίσημη πρόσκληση της Κυβέρνησης. Στην ίδια ομάδα ήταν ο πατέρας μου και ο ποιητής Ρίτσος.
Το 1956 είχαν ήδη παραδοθεί σε χρήση τα κτίρια της Γεωπονοδασολογικής, του Χημείου και του Μετεωροσκοπείου, και είχε έρθει η σειρά της Φυσικομαθηματικής. Τα σχέδια του κτιρίου εκπόνησε χωρίς αμοιβή ο Πάτροκλος Καραντινός και η ανέγερση του κτιρίου άρχισε το 1957. Κατά την εκσκαφή των θεμελίων βρέθηκε ο θεμέλιος λίθος του 1939. Το εύρημα θεωρήθηκε σημαντικό για την ιστορία της πανεπιστημιούπολης και, μετά την ολοκλήρωση του κτιρίου, αποθηκεύθηκε «προσωρινά» στον εξώστη του πρώτου ορόφου του κτιρίου, μπροστά από τα τότε γραφεία της Γραμματείας της Σχολής και του Κοσμήτορα. Εκεί ξεχάστηκε με τον καιρό μέχρι τα μέσα της δεκαετίας του 2000, οπότε και ενδιαφέρθηκα για την τύχη του. Η διαμόρφωση του πρώτου ορόφου του κτιρίου είχε αλλάξει, μετά από τη μεταφορά της Γραμματείας διαδοχικά στο κτίριο Διοίκησης και στο μικρό κτίριο μπροστά από το κτίριο της Βιολογίας, και έτσι κτύπησα την πόρτα του γραφείου ενός συναδέλφου του Τμήματος Γεωλογίας που βρισκόταν κοντά στην παλιά θέση της Κοσμητείας. Αυτός άνοιξε την πόρτα και ρώτησε ποιος ήταν ο σκοπός της επίσκεψης. Όταν απάντησε ότι αναζητάω τον θεμέλιο λίθο της ΦΜΣ, ο γεωλόγος με κοίταξε περίεργα και ρώτησε: «Δεν είναι λίγο ψηλά για θεμέλιο λίθο;». Αφού δόθηκαν οι αναγκαίες διευκρινίσεις βγήκαμε στον εξώστη, όπου σε μια πρώτη ματιά δεν φαινόταν τίποτα που να μοιάζει με θεμέλιο λίθο. Μια προσεκτικότερη παρατήρηση όμως αποκάλυψε μια ορθογώνια πλάκα, βαμμένη στο κεραμιδί χρώμα του εξωτερικού τοίχου και ακουμπισμένη παράλληλα με αυτόν. Οι εργάτες που έβαψαν το κτίριο κατά την τελευταία ανακαίνιση είχαν θεωρήσει σωστό, μαζί με τον τοίχο, να βάψουν και τον θεμέλιο λίθο!
Η ένταξη το 1954 της πανεπιστημιούπολης στο πρόγραμμα δημοσίων επενδύσεων ήταν κομβικής σημασίας, επειδή έλυσε το δύσκολο πρόβλημα της χρηματοδότησης. Πρώτο κτίριο με αυτά τα νέα δεδομένα ήταν το Μετεωροσκοπείο. Ο Κυριαζόπουλος είχε επιλέξει γι' αυτό ήδη από το 1950 μια τοποθεσία στο κέντρο της πανεπιστημιούπολης, και ο συνεργάτης του Λ. Θανόπουλος είχε φτιάξει από τότε ένα σκαρίφημα του κτιρίου ενός “Αστρομετεωροσκοπείου”. Με τα νέα χρηματοδοτικά δεδομένα όμως άρχισε να κατασκευάζεται το 1954 το κτίριο του αμιγώς Μετεωροσκοπείου, σε σχέδια του καθηγητή της Πολυτεχνικής Σχολής Ι. Τριανταφυλλίδη. Όμως ο αρχικός σκοπός του κτιρίου δεν είχε ξεχαστεί και, όταν ολοκληρώθηκε το 1956, ο πρώτος που εγκαταστάθηκε σε αυτό ήταν ο καθηγητής Αστρονομίας Ι. Ξανθάκης.